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江南大學(xué),最新Nature子刊!

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研究概述
羧酸酯酶在手性羧酸和酯的對映選擇性合成中充當(dāng)有效的生物催化劑。然而,由于其幾乎對稱的結(jié)構(gòu),天然存在的羧酸酯酶具有有限的對映選擇性,特別是對3-環(huán)己烯-1-羧酸乙酯(CHCE,S1)。
機(jī)器學(xué)習(xí)(ML)有效地加快了定向進(jìn)化的進(jìn)程,但缺乏預(yù)測羧酸酯酶對映選擇性的模型阻礙了其進(jìn)展,主要原因是難以獲得高質(zhì)量的訓(xùn)練數(shù)據(jù)集。
2024年10月10日,江南大學(xué)倪曄教授、許國超副教授在國際頂級期刊Nature Communications發(fā)表題為《Enhanced stereodivergent evolution of carboxylesterase for efficient kinetic resolution of near-symmetric esters through machine learning》的研究論文。
在本研究中,作者設(shè)計(jì)了一種高通量方法,通過偶聯(lián)乙醇脫氫酶來測定不動桿菌sp. JNU9335中的羧酸酯酶AcEst1的表觀對映選擇性,生成高質(zhì)量的數(shù)據(jù)集。
利用源自生化考慮的七個特征,作者定量描述了AcEst1中殘基的空間、疏水性、親水性、靜電、氫鍵和π-π相互作用效應(yīng),并訓(xùn)練強(qiáng)大的梯度增強(qiáng)回歸樹模型以促進(jìn)立體發(fā)散進(jìn)化,從而增強(qiáng)AcEst1對S1的對映選擇性。通過這種方法,研究人員成功獲得了兩個立體互補(bǔ)變體,DR3和DS6,證明顯著增加和逆轉(zhuǎn)的對映選擇性。
值得注意的是,DR3和DS6在各種對稱酯的對映選擇性水解中具有實(shí)用性。全面的動力學(xué)參數(shù)分析、分子動力學(xué)模擬和QM/MM計(jì)算,深入了解了DR3和DS6受控對映選擇性背后的動力學(xué)和熱力學(xué)特征。
圖文解讀
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圖1:含有P1結(jié)構(gòu)的藥物及其不對稱合成的示意圖
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圖2:AcEst1突變體的高質(zhì)量位點(diǎn)特異性飽和突變結(jié)果和用于預(yù)測Eapp值的機(jī)器學(xué)習(xí)模型的開發(fā)
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圖3:WT AcEst1及其突變體與(R)-和(S)-S1的相互作用
文獻(xiàn)信息
Dou, Z., Chen, X., Zhu, L.?et al.?Enhanced stereodivergent evolution of carboxylesterase for efficient kinetic resolution of near-symmetric esters through machine learning.?Nat. Commun.?15, 9057 (2024).?

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